《暗河传》的结局整体偏向BE，但也有部分CP存在相对圆满的结局，可以看作是开放性结局。

剧中多对CP的结局都充满遗憾，如慕雨墨和唐怜月，两人因身份原因，尽管彼此相爱，但慕雨墨成为慕家家主，唐怜月撑起唐门，两人对立，等待十年也未在一起，直到中年暗河解散才得以相聚。慕雪薇和慕青羊这对新婚夫妇，在天启客栈为了掩护重伤的苏暮雨离开，最终双双战死。李寒衣和赵玉真一生只见三面，赵玉真为救李寒衣死在彼此最爱对方的那一年，李寒衣则剑心破碎，最终疯癫。

不过，主角苏暮雨和白鹤淮的结局相对较好。苏暮雨最终杀死了走上歧途的苏昌河，为江湖除去一害。而他与白鹤淮在经历了12年的分离后，最终得以重逢，两人一路向南，隐居山村，开了间小医馆，过上了平淡的生活。